Nitrit
Fische sind im generellen sehr empfindlich für zu hohe Nitritwerte im Aquariumwasser. Nitrit ist ein normaler Vorgang beim Abbau von Stoffwechselprodukten. Darum sollten bei neueingerichteten Becken eine Schonfrist (Einfahrzeit) von ca. zwei Wochen berücksichtigt und anfangs nur wenige Fische bei mässiger Fütterung eingesetzt werden. So können sich die Stoffwechselprodukte langsam entwickeln und die nitritabbauenden Bakterien werden optimal gefördert. Nach diesen zwei Wochen haben sich im Aquarium und im Filter Bakterien angesiedelt und sorgen so, dass Nitrit kein Thema mehr ist.
Nitrat
Der Abbauprozess aller organischen Substanzen geschieht über die Stufen Proteine→Ammonium→Nitrit→Nitrat. Bestimmte Bakterien sind für diesen Prozess verantwortlich. Ist der Ammonium und Nitritgehalt über eine Konzentration von 0.2mg/l, kann eine Störung im Bakterienhaushalt vorliegen. Ein kontinuierlich steigender Nitratgehalt im Aquarium bei gleichzeitig niedrigem bis nicht nachweisbaren Ammonium- und Nitritgehalt ist charakteristisch für einen gut funktionierenden Bakterienhaushalt. Trotzdem sollte der Nitratgehalt im Aquarium nicht über 50mg/l steigen, zumal hoher Nitratgehalt auch das Algenwachstum fördert.